El municipio de Muxupip ocupa una superficie de 54.93 kilómetros cuadrados,
La cabecera del municipio es el pueblo de Muxupip. Además de la cabecera, en el municipio hay dos localidades: San Juan Koop y San José Cholul. También se encuentran las siguientes localidades: Catzín, Sac-Citán, Hacienda Ixim y San José Grande.
El sitio en el que hoy se levanta el pueblo de Muxupip "Pan Enterrado", pertenecía a la Provincia de Ceh Pech y se hallaba despoblado a la llegada de los españoles.
No se sabe con exactitud la fecha de la fundación de Muxupip, sin embargo, hacia el año de 1579 se había establecido una Encomienda, como se ha podido comprobar mediante un antiguo documento encontrado en el Archivo de Indias, en España.
Declarada la independencia de Yucatán y suposterior anexión al resto de la República Mexicana, el pueblo de Muxupip pasa a formar parte del partido de Motul.
En 1927, Muxupip se erige como cabecera del municipio del mismo nombre.
