Sobre la fundación de Bokobá "Agua que se vadea o agita" se desconocen los datos exactos. Perteneció a la privincia de Ceh-Pech antes de la conquista.
Después estuvo bajo el régimen de las encomiendas, entre las que se pueden mencionar la de don Esteban Pérez Montiel con 481 indios a su cargo en 1700.
La evolución de la población comienza en 1821 cuando Yucatán se independiza de la Corona Española.
En 1825, pasa a formar parte del partido de la costa teniendo como cabecera a Izamal.
A partir de 1900 aparece como cabecera del municipio y actualmente lleva el mismo nombre.
