La cabecera del municipio es Río Lagartos. Además de la cabecera, existe una localidad: Las Coloradas. Otras de menor importancia son: El Edén, Paraíso, San Pablo, Santa Cruz, Santa Pilar Trejo, Zabich, Santa Rita, Tacxahan, Serrano.
El territorio donde actualmente se ubica la cabecera municipal perteneció al cacicazgo de Ecab en la época prehispánica.
En 1900 Río Lagartos figura en el censo como pueblo y cabecera del municipio.
