La cabecera del municipio es Motul de Carrillo Puerto. Dentro de su jurisdicción municipal quedan comprendidas además de la cabecera, ocho localidades consideradas importantes: Kaxatáh, Kiní, Mesatunich, Sacapuc, Timul, Ucí Muna y San José Tipceh. Otras localidades, aunque con menor número de habitantes son: Cenotillo, Dzununkán, Kambul, Kancahal, Kancabchén, Komchén Martinez, Kopté, Panabá, Rogelio Chalé, Sabacnah, Sakolá, San Antonio Dzinah, San Pedro Cámara, San Pedro Chacabal, San Rafael, San Antonio, San Roque, Santa Cruz Pachón, Santa Teresa, Tunyá, Telal, Texán Espejo, Ticopo Gutiérrez, Uitzil, Acabah, Hacienda Marco y Rancho Kankanchá.
La población de Motul (llamada así en honor al sacerdote de nombre Zac Mutul, su fundador), no tiene datos exactos de su fundación, aunque data del siglo XI.
Perteneció a la provincia de Ceh Pech antes de la conquista.
Después de la conquista, perteneció al régimen de las encomiendas, entre las que se puede mencionar la de Don Francisco de Bracamonte en 1581.
El desarrollo de la población comienza en 1821, cuando Yucatán se independiza de la Corona Española.
En 1825, Motul pasa a formar parte del partido de la Costa, con cabecera en Izamal.
En 1847, por orden del Gobierno estatal se colocaron "picotas" a la entrada de la población, en las que azotarían a los indios sospechosos de conspiración, que fueron más de 200, incluyendo al cacique de Motul.
El 10 de marzo de 1852 la población adquiere la categoría de Villa y queda como cabecera de municipio.
El 22 de febrero de 1872, motul adquiere el título de ciudad, por decreto.
Del 29 al 31 de marzo de 1918, se celebra el primer Congreso Socialista con el objeto de estudiar los principales problemas que afectan a los trabajadores. El 8 de julio del mismo año, el rancho denominado "Kopté" que pertenecía al municipio, adquiere la categoría de pueblo.
En 1922, se derogan los decretos que conceden a Motul los títulos de Villa y Ciudad, y se vuelve a la categoría de Pueblo.
El 30 de septiembre de 1924, por decreto, se añaden a Motul los apellidos del extinto Gobernador Felipe Carrillo Puerto, pero se deroga tiempo después.
El 2 de octubre de 1933, nuevamente decreto, toma el nombre de Motul de Carrillo Puerto, que perdura en la actualidad.
Zac Mutul
Gran sacerdote maya y fundador del Centro Ceremonial, donde hoy se encuentra ubicada la población de Motul, (siglo XI).
Francisco de Montejo
"El Adelantado" Conquistador que fundó la población de Motul a mediados del siglo XVI.
Felipe Carrillo Puerto
Fue un personaje revolucionario que destacó no sólo en su estado natal, sino en todo México. Fue gobernador de Yucatán y dirigente del partido Socialista 1874-1924.
En la cabecera municipal un templo dedicado a San Juan Bautista, construido en el siglo XVII; una iglesia dedicada a la Virgen de la Asunción que data de la época colonial y la casa donde nació Don Felipe Carrillo Puerto. También se pueden apreciar cuatro exhaciendas llamadas: Santa Teresa, Ukanhá, Xinteilá y Dzitox.