La cabecera del municipio es el Pueblo de Yaxkukul. Además de la cabecera, dentro de la jurisdicción municipal quedan comprendidas cinco localidades: San Juan de las Flores, Hacienda Chac-Abal, San Francisco, Santa Cruz Canto y Yaxcopoil.
Lo que hoy es el pueblo de Yaxkukul "Verde precioso", fue en tiempos prehispánicos un pequeño poblado indígena del que se desconoce su fundación.
Según la tradición oral, cuando en el antiguo poblado de Zaci (donde actualmente se encuentra la ciudad de Valladolid) reinaba un príncipe llamado Ulil, éste ordenó una expedición con el fin de fundar varias poblaciones en diversos sitios de la península.
Uno de esos lugares fundados fué lo que hoy es Yaxkukul. No existen noticias que prueben tal fundación como tampoco se han encontrado datos que puedan hacer luz respecto de la fundación de Yaxkukul por parte de los conquistadores; sin embargo, en este último caso, se sabe que hacia el año de 1549 ya se había establecido una Encomienda.
Declarada la independencia de Yucatán y su posterior incorporación al resto de la República Mexicana, Yaxkukul pasa a formar parte del partido de la costa.
Posteriormente, al crearse el partido de Tixkokob, Yaxkukul queda incluido en éste.
En 1918 se erige en cabecera del municipio del mismo nombre.
El 5 de julio de 1927, por un decreto del Congreso del Estado, las fincas Caal y Tah-Ac dejan de pertenecer a Yaxkukul, pasando a formar parte del municipio de Tixkokob.
