Es la que permite ubicar el proyecto en los subsistemas de planeación y programación. A través de ella podemos identificar un proyecto con su impacto en el Plan Estatal de Desarrollo y los Programas de Mediano Plazo, alineando así el Programa Operativo Anual.
Los tres primeros componentes (Eje, Sub Eje) ubican el proyecto dentro del Plan Estatal de Desarrollo.
Esta clasificación permite ubicar el proyecto tanto en el Plan Estatal de Desarrollo, como en el Programa de Mediano Plazo y crear el “árbol” de objetivos a que se atiende.
A continuación presentamos gráfico porcentual y tabla del presupuesto 2006 ejercido por clasificación funcional: 
