Sobre la fundación de Sanahcat "leguminosa Tzalam", cabecera del municipio del mismo nombre, se desconocen los datos exactos. En la época prehispánica perteneció a la provincia de Hocabá.
Después de la Conquista permaneció bajo el régimen de las encomiendas, que prevalecieron durante toda la época de la colonia.
El desarrollo de la población comienza en 1821, cuando Yucatán se declara independiente de la Corona de España.
En 1900, pasa a formar parta de la jurisdicción de Sotuta, separándose de Hocabá.
El 29 de septiembre de 1924, se publica el Decreto 128 del Diario Oficial, en el cual aparece que Sanahcat se erige en municipio libre.
El 10 de mayo de 1937, dejan de pertenecer a este municipio las haciendas: Xtohil y Tixcacal Ancona.
