La cabecera municipal es el pueblo de Quintana Roo. Además de la cabecera, cuenta con los siguientes ranchos: San Juan, Santa María, San Antonio, Santa Inés, San Andrés, Maxcapixcil, Carrillo y el pueblo de Dzulotok.
El territorio formó parte del cacicazgo Cupul en la época prehispánica.
El 18 de agosto de 1871, al rancho hobchén del municipio de Dzitás, se le concede la categoría de pueblo con el nombre de Quintana Roo.
El 30 de diciembre de 1931 se le erige en municipio libre.