La cabecera del municipio es Yaxcabá. Dentro de la jurisdicción municipal quedan comprendidas, además de la cabecera, seis localidades: Kankabzonot, Libre Unión, Tahdzibichén, Tiholop, Tixcacaltuyub y Yokdzonot. Se encuentran también otras localidades de menor importancia denominadas: Santa María, Yoxunah, Canakon, Xlapák, Popola, Chimay, Xinchil, Tinucáh, Cenote, Abán, San Marcos, Xíat, Miguel Hidalgo, Huchin, Balam, Sipché, San José, Quintana Roo, Nicteil, Cholul, San Pedro, Sahcabá, X-ochil; así como los siguientes Ranchos: Santa Rita, Cola Blanca, Xabitita, San Francisco, Santa Rosa, Chich, San Manuel, San Isidro, San Tomás, Acapulco, San José I, Xuul, Sacnité, Xochil, Teelhú, X-tosil, Santo Domingo, Santa Amelia, Tzupich, Xolobitancia, Xanlá, Oxulá, Santa María, San Arturo, San Pedro, Santa Eugenia, Paraíso, San Juan de los Itzá, Tzutzuyub, Chunchucmil y Chanciteen.
Esta ciudad se cree que fue realizada por el único Cocom que sobrevivió a la destrucción de Mayapán, en 1441.
Durante la colonia bajo el régimen de encomienda estuvo a cargo de Joaquín de Leguizano (1562) y Andrés de Valdés.
En 1761, ocurrió la primera insurrección importante de la rebelión maya, encabezada por el indio Canek.
El 8 de septiembre de 1848, grupos de indios comandados por Cecilio Chí tomaron la plaza de Yaxcabá esta noticia la recibió, en Mérida el coronel Eulogio Rosado, quien salió hacia el poblado por orden del gobierno, a fin de recuperarla.
En 1923, Yaxcabá se erigió como municipio libre.
Arquitectónicos: Existen en la cabecera municipal, el templo en honor a San Francisco de Asís; la capilla dedicada a la virgen de Guadalupe y la casa llamada Huaycot o también de las Cien Puertas, todos datan de la época de la colonia. Además el templo de Santa Cruz; exconvento y parroquia de San Pedro, y capilla de San Nicolás
Arqueológicos: Libre unión Yaxunah, Ixpanioh, Xucul, Yokdzonot, Xcanyá, Tixcacaltuyub, Yanláh
